Skyriaus veikla apima uostamiestį, Neringą, Palangą, Šiaulius, Panevėžį, Klaipėdos, Kretingos, Skuodo, Plungės, Mažeikių, Telšių, Akmenės, Joniškio, Pakruojo, Šiaulių, Kelmės, Radviliškio, Kupiškio, Biržų, Pasvalio, Panevėžio, Tauragės, Jurbarko, Šilutės, Šakių, Raseinių, Šilalės, Vilkaviškio rajonus, Pagėgių, Kazlų Rūdos, Rietavo savivaldybes. Jo pareigūnai dirba Pagėgiuose, Klaipėdoje bei Šiauliuose. Likusioje Lietuvos dalyje užsieniečių kontrolę bei neteisėtos migracijos prevenciją vykdo Vilniaus ir Varėnos pasienio rinktinių Migracijos skyriai.

Migracijos skyriai Valstybės sienos apsaugos tarnyboje įkurti tam, kad išsiaiškintų teisės pažeidimus, susijusius su neteisėta migracija, nustatytų užsieniečius, pažeidusius įstatymus, lietuvius ar Lietuvos juridinius asmenis, susijusius su neteisėtu užsieniečių atvykimu, buvimu bei gyvenimu Lietuvoje.

Migracijos srityje dirbantys pasieniečiai aiškinasi neteisėtos migracijos priežastis, būdus ir formas, organizuoja tokios migracijos prevenciją. Jie priima užsieniečių prašymus suteikti prieglobstį, sprendimus dėl užsieniečių grąžinimo į jų valstybes ar įpareigojimų išvykti iš Lietuvos, jų vizų panaikinimo ar atšaukimo, gali sulaikyti neteisėtai atvykusius ar neteisėtai šalyje esančius užsieniečius.

Kiekvienas, turintis svečių iš užsienio valstybių, kurių gyventojai atvyksta su vizomis, turėtų priminti jiems, kad pasitikrintų, kiek gali būti Lietuvoje, mat vizos galiojimo ir leistas buvimo laikas ne visuomet sutampa.

Budrios turėtų būti įmonės, kurios įdarbina užsieniečius. Jei ketinti įdarbinti užsieniečiai neatvyko arba buvo atleisti, darbdaviai turi per septynias dienas informuoti Migracijos departamentą, kad jiems būtų panaikintos šiam darbui išduotos vizos.

Valstybės sienos apsaugos tarnybos Migracijos skyriaus pareigūnai tikisi piliečių geranoriškumo ir abipusio bendradarbiavimo. Jie visada pasirengę pakonsultuoti gyventojus dominančiais klausimais ir kviečia susisiekti telefonais 8-46 466274, 8-46 466275 (8-12, 12:45-17 val.).

Turinčiuosius žinių apie nelegaliai Lietuvoje esančius ar dirbančius užsieniečius maloniai prašome skambinti anoniminiu Pagėgių pasienio rinktinės pasitikėjimo telefonu 8-441 57279.